提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
亚马逊2022年净亏损27亿美元******
中新社旧金山2月2日电 美国亚马逊当地时间2日发布的最新财报显示,公司2022年净销售额增速创新低,净亏损高达27亿美元。
财报显示,2022年第四季度,亚马逊净销售额1492亿美元,同比增长9%。公司净收入3亿美元,同比下跌98%。亚马逊2022年净销售额5140亿美元,同比增长9%,创下公司上市以来的最低增速。亚马逊2022年净亏损达27亿美元,股价下跌近50%。
《西雅图时报》报道称,亚马逊将2022年的亏损归因于其对电动汽车初创公司Rivian的投资。据美国全国公共广播电台报道,亚马逊持有Rivian公司20%的股份。在定价失误等因素的影响下,Rivian股价2022年下跌82%。该公司2月1日表示,计划裁员6%,约840人将受到影响。
2022年第四季度,亚马逊就已开始通过关闭部分商店、削减项目以及冻结招聘等方式控制成本。今年初,该公司宣布将裁员超过1.8万人。亚马逊称,预计2023年第一季度公司净销售额将在1210亿美元至1260亿美元之间,同比增长4%至8%。
2日,谷歌和苹果也公布了2022年第四季度财报,其中多项重要指标均低于预期。3家科技巨头公布财报后,股价全部盘后下跌。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)